Un climat chaud et humide ainsi que de grandes étendues pour ainsi dire inhabitées sont autant de facteurs qui assurent au Nicaragua une grande variété d’espèces animales.

Parmi les mammifères du Nicaragua, on trouve notamment des pumas, jaguars, coyotes, cerfs, belette, lapins, singes, tatous, fourmiliers, pécaris et guatuses (petits rongeurs).

Comme dans tous les pays chauds, reptiles et amphibiens pullulent. On y trouve des alligators, des tortues, différentes espèces de serpents et de lézards, ainsi que des iguanes.

Le Nicaragua abrite de nombreux oiseaux multicolores, dont l'urraca (pie-geai à poitrine blanche), le zanate (mainate à longue queue), la tourterelle triste et le guardabarranco. Les aras et les perroquets habitent les régions sauvages, tout comme les oiseaux-mouches, les dindes sauvages, les hiboux, les vautours, et les pélicans. Dans les endroits reculés, on peut aussi apercevoir le quetzal. L'oiseau national se nomme le guardabarranco (Momotus momota).

Dans les eaux douces du lac Nicaragua, on rencontre certaines espèces qui vivent habituellement dans les eaux salées. C'est notamment le seul lac au monde où l'on trouve des requins d'eau douce. On y voit aussi des poissons-scies, des sardines, des bars, des vivaneaux et des marlins.